Sébastien Thubert, parallèlement à un engagement régulier dans des mouvements de jeunesse, fonde à la sortie du lycée une association d’éducation populaire, la dirigeant et la développant pendant une dizaine d’année.
Il agit ensuite principalement pour des organisations reconnues d'utilité publique ou militantes sur des questions de communication, de plaidoyer, ou de direction, et plus particulièrement sur celles de la gouvernance associative ou de l’animation de réseau.
En 2016, il rejoint Sciences Po pour accompagner et soutenir ses 200 associations étudiantes et mettre en place des dispositifs pour faciliter l’engagement étudiant.
Sébastien Thubert est membre du conseil d'administration de la Fonda et en a été le trésorier de 2015 à 2018.
